Sekretariat dipimpin oleh seorang sekretaris yang berkedudukan di bawah dan bertanggung jawab kepada lnspektur Inspektorat Daerah. Sekretaris mempunyai tugas merencanakan operasional, memberi petunjuk, menyelia dan mengatur, serta mengevaluasi dan melaporkan penyelenggaraan kesekretariatan di lingkungan Inspektorat. dan menyelenggarakan fungsi antara lain : 

1. penyusunan rencana strategis Inspektorat berdasarkan rencana pembangunan jangka menengah daerah (RPJMD) sebagai pedoman penyusunan rencana kerja
2. pemberian petunjuk penyusunan rencana kerja Inspektorat berdasarkan rencana strategis Inspektorat Daerah sebagai pedoman penyusunan kegiatan dan anggaran;
3. perumusan perjanjian kinerja Inspektorat Daerah sesuai dengan ketentuan yang berlaku;
4. menyusun perjanjian kinerja lnspektorat Daerah sesuai dengan tugas dan fungsinya;
5. pemberian petunjuk penyusunan kegiatan dan anggaran Inspektorat sesuai dengan rencana kerja yang telah ditetapkan guna pencapaian kinerja Inspektorat Daerah;
6. pengoordinasian penyusunan dan mensosialisasikan standar operasional prosedur (SOP) dan standar pelayanan di lingkungan Inspektorat Daerah;
7. perencanaan program dan kegiatan sekretariat Inspektorat Daerah;
8. pelaksanaan perencanaan penganggaran, dan evaluasi kenerja perangkat daerah;
9. pelaksanaan administrasi keuangan perangkat daerah;
10. pelaksanaan administrasi barang milik daerah pada perangkat daerah;
11. pelaksanaan administrasi kepegawaian perangkat daerah;
12. pelaksanaan administrasi umum perangkat daerah;
13. pengadaan barang milik daerah penunjang urusan pemerintah daerah;
14. penyediaan jasa penunjang urusan pemerintahan daerah;
15. pemeliharaan barang milik daerah penunjang urusan pemerintahan daerah;
16. pelaksanaan penyiapan bahan pelaporan penerapan standar pelayanan minimal (SPM) dibidang pembinaan dan pengawasan;
17. pelaksanaan penyiapan bahan penyusunan laporan penyelenggaraan pemerintahan Inspektorat Daerah;
18. pelaksanaan publikasi dan hubungan masyarakat di lingkungan Inspektorat Daerah;
19. fasilitasi penataan organisasi dan tata laksana pada Inspektorat Daerah;
20. fasilitasi penyusunan Analisis Jabatan (ANJAB) dan Analisis Beban Kerja (ABK) di lingkungan Inspektorat Daerah;
21. pelaksanaan reformasi birokrasi dan sistem pengendalian internal (SPIP) serta pengelolaan informasi dan dokumentasi;
22. pemberian petunjuk penyiapan bahan evaluasi dan pelaporan pelaksanaan rencana strategis Inspektorat Daerah;
23. pemberian petunjuk penyiapan bahan evaluasi dan pelaporan pengelolaan keuangan secara berkala, yang meliputi laporan keuangan bulanan, triwulan, semester dan laporan keuangan tahunan Inspektorat Daerah sesuai dengan ketentuan peraturan perundangundangan;
24. pemberian petunjuk penyiapan bahan pelaporan capaian kinerja dalam bentuk laporan akuntabilitas kinerja Inspektorat sesuai ketentuan yang berlaku;
25. pemberian petunjuk penyiapan bahan pembinaan kelompok jabatan fungsional pada Inspektorat Daerah;
26. pemberian petunjuk penyiapan bahan penyusunan rencana kebutuhan jabatan fungsional dan pelaksana pada Inspektorat Daerah;
27. pemberian petunjuk penyiapan bahan penyelenggaraan kerja sama dengan pihak atau instansi terkait dalam rangka mendukung pelaksanaan Urusan Pemerintahan di bidang pembinaan dan pengawasan;
28. pelaksanaan monitoring, evaluasi dan pelaporan terhadap pelaksanaan tugas kesekretariatan pada Inspektorat Daerah;
29. pelaksanaan penilaian tugas bawahan melalui sistem penilaian yang tersedia sesuai ketentuan yang berlaku dalam rangka peningkatan karir, pemberian penghargaan dan sanksi; dan 
30. pemberian saran dan pertimbangan teknis kepada Kepala sebagai bahan masukan dalam pengambilan kebijakan dibidang kesekretariatan; dan ee. pelaksanaan fungsi lain sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan.