Inspektur Pembantu Khusus mempunyai tugas melaksanakan pembinaan dan pengawasan fungsional terhadap urusan pemerintahan daerah yang bersifat lintas bidang dan kasus pengaduan serta pelaksaan koordinasi pencegahan tindak pidana korupsi. dan menyelenggarakan fungsi antara lain :

1. penyiapan penyusunan kebijakan teknis pembinaan dan pengawasan dalam rangka pencegahan dan investigasi;
2. pengkoordinasian penyusunan rencana pembinaan dan pengawasan tahunan atas penyelenggaraan pemerintahan dalam rangka pencegahan dan investigasi;
3. pelaksanaan perencanaan operasional, membagi tugas, memberi petunjuk dan mengatur pelaksanaan tugas pengawasan yang meliputi audit, reviu, pemantauan, evaluasi, audit dengan tujuan tertentu dan kegiatan pengawasan lainnya dalam rangka pencegahan dan investigasi;
4. pelaksanaan pembagian tugas, memberi petunjuk dan mengevaluasi pelaksanaan pencegahan dan investigasi pengawasan yang dilaksanakan oleh pejabat fungsional;
5. pelaksanaan Penanganan Penyelesaian Kerugian Negara/Daerah;
6. pelaksanaan Pengawasan Dengan Tujuan Tertentu;
7. pelaksanaan Koordinasi, Monitoring dan Evaluasi serta Verifikasi Pencegahan dan Pemberantasan Korupsi;
8. pelaksanaan Pendampingan, Asistensi dan Verifikasi Penegakan Integritas;
9. pelaksanaan pemantauan dan evaluasi pelaksanaan pembinaan dan pengawasan pelaksanaan urusan pemerintahan dan administrasi pemerintahan dalam rangka pencegahan dan investigasi;
10. pelaksanaan pelaporan pelaksanaan tugas Inspektur Pembantu Khusus sebagai bahan pertanggungjawaban;
11. pelaksanaan penilaian menilai pelaksanaan tugas bawahan melalui sistem penilaian yang tersedia sesuai ketentuan yang berlaku dalam rangka peningkatan karir, pemberian penghargaan dan sanksi; 
12. pemberian saran dan pertimbangan teknis kepada lnspektur sebagai bahan masukan dalam pengambilan kebijakan dibidang pembinaan dan pengawasan pelaksanaan urusan pemerintahan dan administrasi pemerintahan dalam rangka pencegahan dan investigasi;dan
13. pelaksanaan tugas lain diberikan oleh Inspektur sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan.